Главный герой серии, подросток Наруто Удзумаки, является носителем девятихвостого демона-лиса, запечатанного в его теле. За двенадцать лет до начала событий, излагаемых в манге, демон-лис напал на Деревню Скрытой Листвы, родную деревню Наруто. Ради спасения Конохи Четвёртый Хокагэ, глава селения, пожертвовал жизнью, чтобы запечатать дух зверя внутри своего новорождённого сына Наруто. Хокагэ желал, чтобы люди считали Наруто героем, поскольку отныне он сдерживал мощь девятихвостого лиса, однако население деревни восприняло Наруто как демона во плоти и возненавидело его. Поскольку упоминать об атаке лиса было запрещено, Наруто узнал о своей необычности лишь случайно, годы спустя.
Наруто с большим трудом завершает обучение и получает звание гэнина — начинающего ниндзя. Он и двое его одноклассников, Саске Учиха и Сакура Харуно, образуют команду под началом опытного сенсея Какаши Хатаке. По мере развития сюжета Наруто находит новых друзей среди жителей деревни и овладевает новыми способностями, считая их необходимыми для того, чтобы в будущем исполнить свою мечту — стать Хокаге. Вскоре Коноха подвергается атаке: беглый ниндзя и разыскиваемый преступник Оротимару вместе со своими приспешниками нападает на селение, убивая его главу — Третьего Хокагэ. Будучи в состоянии меняться телами с другими людьми, Орочимару желает заполучить тело Саске Учихи, считая его наследственные способности подходящими для себя, так как Саске является представителем клана Учиха, наиболее одарённого среди ниндзя. Саске добровольно уходит к Орочимару, полагая, что тот даст ему возможность стать сильнее и отомстить своему старшему брату Итачи. До начала событий манги Итачи уничтожил весь клан Учиха за исключением Саске, для которого месть превратилась в смысл жизни. Наруто, желая вернуть ушедшего Саскэ, покидает Коноху и посвящает себя тренировкам. Он занимается с легендарным ниндзя Джирайей, бывшим товарищем Орочимару, чтобы подготовиться к следующей встрече и возможной битве с Саске.
Главному герою уже 16 лет. После тренировок с Джирайей Наруто возвращается в Деревню Скрытой Листвы и воссоединяется с повзрослевшими друзьями. Команда № 7, ранее состоявшая из Наруто, Саске и Сакуры, переформировывается. Теперь она называется «Команда Какаши», а место Саске в ней занимает другой молодой ниндзя — Сай. Ведущую роль противников Наруто и его друзей занимает организация Акацуки, члены которой стремятся захватить всех хвостатых демонов, включая девятихвостого, заточённого внутри Наруто. Тем временем Саске Учиха, считая дальнейшее обучение у Орочимару бессмысленным, предаёт его и убивает. Отыскав своего старшего брата, чтобы отомстить за уничтожение клана, вступает с ним в бой, во время которого Итачи неожиданно падает замертво. После этого лидер Акацуки, Тоби, сообщает Саске правду о том, что убийство клана было поручено Итачи непосредственно руководством Деревни Скрытой Листвы. Обозлённый этим открытием, Саске присоединяется к Акацуки с целью уничтожить Коноху. Тем временем, по приказу Тоби члены Акацуки атакуют деревню Скрытой Листвы. Ценой больших усилий жителям Конохи удаётся отбить нападение, однако сама деревня оказывается практически полностью разрушена. Зимой снежного года Тоби на собрании пяти Каге объявил, что собирается собрать всех хвостатых для создания десятихвостого Биджу, и поместить в иллюзию весь мир шиноби. После того как собрание Каге отказалось Тоби в этом помогать, он объявил о начале четвертой великой войны шиноби. Альянс шиноби против множества шипастых Зетсу, Эдо Тэнсей Кабуто, и самых Тоби с Кабуто.
Война продолжалась долгих, кровавых десять лет. Битвы закончились и что... Тоби проиграл, никто не знает что с ним. Некоторые лица говорят что он умер, некоторые, что вовремя переместился в свое измерение, или же убежал на необитаемый остров. Но достоверно, это не исвестно никому. Что же с Кабуто.
Его Эдо Тэнсэй все погибли,без исключения, и их души вернулись в мир умерших. Но они могут опять ожить, или же опять призваны Эдо Тэнсэй, так смог сделать Якуши. Альянс шиноби укоротился в четыре раза. Никто из Каге не погиб, но они так ослабли после войны что ушли со своих постов. Прошло некоторое время, наступило затишье. Мелкие шайки бандитов в Конохе господовали, и для прекращения этого нужно было нового, толкового Хокаге. К счастью к власти пришел мудрый Учиха Шисуй. Он прекратил песпределы, в Конохе начал процветать мир. К Косокагуре присоединился старый знакомый Какузу. Его избрали главой деревни скрытой в траве. Но истинная причина его радости от власти заключалась в том, что через него будут протекать все деньги деревни, а это значит что-то дурное...
Но как говорится, в хорошей сказке, не без плохих злодеев. Организация Акацуки не собиралась стоять на месте. Она отстроила свое убежище и к власти пришел молодой, чрезвычайно сильный парень в маске- Тень. У него в одном глазу был Шаринган, а в другом Ринненган, такие глаза можно было получить не легко. Его цель, захватить всех Джинчуурики и извлечь из них Биджу. Ну вообщем он собрался делать то, что делал в свое время Тоби. Но делать это он будет конечно-же не сам. К Акацуки присоединилась Аясе, она стала женой главы организации, и единственной особой слабого пола. И опять же не без Кабуто. Он вступил в организацию с новой силой, для того чтобы набраться еще большей мощи. Он со своекй напарницей Аясе отправится в Кири, чтобы найти могилу Мангетсу Хозуки, одного из семи мечников тумана, который мог призывать все семь мечей.
Но это все потом. А теперь же будем с вами наблюдать за происходящим в мире шиноби, победит добро, или все таки зло?...
